طالب مجلس شورى العلماء "السلفى"، عودة الرئيس المنتخب من الشعب الدكتور محمد مرسي إلى مكانه رئيسًا للبلاد مرة أخرى، و تشكيل مرسى حكومة كفاءات وطنية تكون قادرة على خدمة هذا الوطن ويُتفَق عليها.
كما طالب المجلس، فى بيان حصلت "مصر العربية" على نسخة منه، إيقاف حملة الاعتقالات والإفراج عن جميع المعتقلين في هذه الأزمة الأخيرة، مؤكدا ضرورة السعي في عقد مصالحة وطنية بين جميع الأطراف، وضرورة العفو والتجاوز.
وشدد المجلس على الإسراع بإجراء انتخابات برلمانية، على أن تشكل الحكومة من أغلبية مجلس النواب بعد انتخابه، وله النظر في شرعية بقاء الرئيس من عدمه.
ولفت البيان أن "ما وقع من قرارات المجلس العسكري قائمة على لون اجتهاد - يُغفَر لهم إن شاء الله - ولا يُطعَن عليهم بما نعلمه عنهم من محبتهم لبلادهم، وسعيهم الدؤوب في مصلحة البلاد والعباد".
ويضم المجلس عدد من الدعاة السلفيين، منهم عبد الله شاكر رئيس المجلس، وسعيد عبد العظيم، جمال المراكبى، مصطفى العدوى، أبوإسحاق الحوينى، محمد حسين يعقوب.